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新疆农垦科学院院以解决兵团农业产业发展过程中共性、关键性的技术为工作重点，是实施有兵团特色区域创新体系建设的重要组成部分。院下设作物研究所、棉花研究所、机械装备研究所、畜牧兽医研究所、水利土壤研究所、林园研究所、农产品加工研究所、科技信息研究所和分子农业技术育种中心、农业部食品质量监督检验测试中心（石河子）、农业新技术推广服务中心及省部共建国家重点实验室培育基地（新疆兵团绵羊繁育生物技术重点实验室）、《新疆农垦科技》编辑部、新疆农垦科技咨询中心、试验场和附属中小学等单位。有国家博士后工作站1个、国家节水试验基地1个、国家棉花工程中心良种繁育基地1个，国家挂牌重点领域有：绵羊育种、节水灌溉、农产品监测、优质棉基地、农业信息化5个领域，兵团级学会1个（兵团棉花学会）。

新疆农垦科学院院以解决兵团农业产业发展过程中共性、关键性的技术为工作重点，是实施有兵团特色区域创新体系建设的重要组成部分。院下设作物研究所、棉花研究所、机械装备研究所、畜牧兽医研究所、水利土壤研究所、林园研究所、农产品加工研究所、科技信息研究所和分子农业技术育种中心、农业部食品质量监督检验测试中心（石河子）、农业新技术推广服务中心及省部共建国家重点实验室培育基地（新疆兵团绵羊繁育生物技术重点实验室）、《新疆农垦科技》编辑部、新疆农垦科技咨询中心、试验场和附属中小学等单位。有国家博士后工作站1个、国家节水试验基地1个、国家棉花工程中心良种繁育基地1个，国家挂牌重点领域有：绵羊育种、节水灌溉、农产品监测、优质棉基地、农业信息化5个领域，兵团级学会1个（兵团棉花学会）。